Une mystérieuse flotte navale a pris le contrôle des océans. Seules quelques filles, possédant l’esprit de guerre des grands navires d’antan, sont capables de contrer cette menace. Notre histoire commence lorsque Fubuki arrive dans la base de Chinjufu où s’entraînent et vivent ces combattantes des mers...

Rikka, Chiyo, Sekine et Tsubasa sont un groupe d'amies qui fréquentent le même collège réservé aux filles. Elles semblent être des élèves ordinaires, mais chacune d'entre possède a un secret qu'elle ne peut révéler à personne. L’une est une extraterrestre, une autre un ninja en fuite ou encore un médium ainsi qu’un garçon travesti ! Le sort de leur classe, et même de la Terre entière, dépend d’elles, mais les mensonges qu’elles racontent leur permettent de rester ensemble...

12000 ans après la guerre qui opposa les anges déchus à l'humanité, les survivants humains tentent d'affronter à nouveau leur némésis. Pour cela, ils utilisent des vectors, des vaisseaux de combats qui, en fusionnant, forment l'Aquarion, la seule arme capable de vaincre les anges. C'est dans ce contexte que Silvia, la supposée réincarnation de Céliane, la grande combattante pour l'humanité dans la précédente guerre, et pilote des vectors rencontre Apollo, un jeune garçon semblant être la réincarnation d'Apollonius, le seul ange déchu à s'être battu contre les siens pour aider les humains et sa bien-aimée Céliane.

Le jour de son 16è anniversaire, Kobeni Yonomori apprend qu'elle est fiancée à Hakuya Mitsumine, qui a le même âge qu'elle mais qu'elle ne connaît pas. Ce dernier emménage peu après chez elle avec sa petite soeur, Mashiro, encore élève en primaire. La grande soeur de Kobeni, Benio, complète cette "famille" qui va devoir apprendre à cohabiter.

L'équipe de baseball du collège Takagi termine sa saison sans une seule victoire. Son lanceur, Eijun Sawamura, a à coeur de prendre sa revanche avec ses coéquipiers, une fois au lycée.

L'équipe de baseball du collège Takagi termine sa saison sans une seule victoire. Son lanceur, Eijun Sawamura, a à coeur de prendre sa revanche avec ses coéquipiers, une fois au lycée.