En 1939, l’empire de Germania a commencé à envahir les pays limitrophes. Depuis, toute l’Europe est entrée dans la spirale de la guerre. Un an plus tard, la Germania jette son dévolu sur l’Eylstadt, un petit archiduché verdoyant situé dans les Alpes. Unique héritière du trône, la princesse Finé se prépare tant bien que mal à protéger son royaume. Elle croise alors la route d’Izetta, dernière descendante d’une ancienne lignée de sorcières…

Natsu et ses amis partent exécuter un petit boulot. Mais, à cause d’une erreur de la part de Lucy, la mission est un échec. Sur le chemin de retour vers son appartement, Lucy rencontre une fille nommée Éclair, écroulée au sol. Cette fille, accompagnée d’un oiseau nommé Momon, a, semble-t-il, perdu la mémoire et tout ce dont elle se rappelle est qu’elle doit livrer la moitié de la pierre de Phœnix, en sa possession, quelque part. Les ennuis ne tardent pas à arriver pour Fairy Tail. En effet, la garde d’un prince capricieux convoite la pierre qu’Éclair possède. La guilde est pratiquement détruite et Éclair est enlevée. La guilde Fairy Tail ne tarde pas à partir au secours de la demoiselle et à s’engager dans des combats difficiles contre les quatre gardes… au prix d’un sacrifice.