En prison, Akemi Tachibana, raconte à ses codétenues son histoire. Celle d'une chef yakuza d'une bande exclusivement féminine, ayant chacune une partie d'un même tatouage représentant un dragon. Un soir, lors d'un combat, une femme est accidentellement rendue aveugle. Quelque temps plus tard, les meurtres s'enchaînent dans le groupe, et les victimes se font scalper leur tatouage.

Matin du 7 décembre 1941. La base navale américaine de Pearl Habor, dans le Pacifique, s'éveille à peine. Les chasseurs de l'armée japonaise sont eux déjà en route pour ce qui restera dans l'Histoire comme l'une des attaques les plus meurtrières jamais commises contre les États-Unis.

Province d’Echizen, été 1913. En route vers Kyoto, le professeur Yamasawa traverse un village frappé par la sécheresse, perdu au milieu des montagnes. À proximité se trouve l’étang du Démon, objet de superstitions de la part des habitants. En effet, si la cloche du village ne sonne pas quotidiennement, le dragon retenu au fond de l’eau serait libéré et provoquerait un déluge mortel. L’arrivée de Yamasawa chez Akira et Yuri, le couple chargé de faire respecter cette tradition immuable, va bientôt mettre en péril cet équilibre.

En 1600, le navire hollandais L'Érasme s'échoue sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par un seigneur local, son pilote anglais John Blackthorne découvre un pays dont il ignore tout et dans lequel les missionnaires Jésuites portugais ont un pouvoir considérable. Protégé par le général en chef des armées de l'Est, le seigneur Toranaga, John Blackthorne, devenu Anjin-San pour les Japonais (« Honorable Pilote »), connaîtra une ascension fulgurante et deviendra samouraï.

À Tokyo, durant l’ère Meiji, Ocho est une joueuse et une pickpocket. Aidée par un aventurier solitaire, elle enquête sur un gang usant de prostituées pour passer de l’héroïne en contrebande de Chine…

Partie 1 : Il n’y a pas de plus grand amour — 1943. Kaji (Tatsuya Nakadai) travaille pour une compagnie qui exploite des gisements de minerai. Il est envoyé à Lo Hu liang, dans le sud de la Mandchourie (état du Mandchoukouo), pour s’occuper des ouvriers chinois travaillant dans les mines de fer, qui sont bientôt rejoints par des hordes de prisonniers. Horrifié par les conditions inhumaines de travail, il tente de se battre pour améliorer leur sort mais rencontre l’hostilité de ses collègues et de sa hiérarchie. Alors qu’il s’oppose à l’exécution d’un prisonnier, Kaji est arrêté par la police, séparé de sa femme Michiko, torturé et mobilisé dans l’armée japonaise.

Japon, 1963. Dans une ville portuaire de la région d'Hiroshima, les clans Ohara et Kawadé se livrent une guerre sans merci pour le contrôle du territoire. Consterné par le laxisme du commissaire local, le gouvernement crée une brigade anti-gang. Les méthodes de la nouvelle équipe, incorruptible et violente, provoquent des tensions avec la police, qui entretient des liens étroits avec le clan Ohara...

Sayo, condamnée à la prison à vie, pour avoir tué l'assassin de son mari et de son fils, ne vit plus que pour une chose : donner naissance à l'instrument de sa vengeance. Elle décède malheureusement en couches en donnant le jour à une fille, Yuki, qui, suivant sa destinée, deviendra la redoutable Lady Snowblood, aux charmes aussi affûtés que le sabre !

Un vieux couple se fait une joie de rendre visite à ses enfants à Tokyo. Surmenés et préoccupés par leurs seuls problèmes, ces derniers les reçoivent avec froideur et indifférence.

Fumiko Shimojō a deux enfants et son mariage avec un homme qui la trompe est malheureux. Poétesse, elle compose des tanka et participe à un cercle littéraire aux côtés de deux amis d'enfances, Kuniko et son mari Takashi Hori. Fumiko est secrètement amoureuse de Takashi Hori. Ce dernier la soutient dans sa création poétique mais il souffre d'une maladie incurable. Après avoir surpris son mari avec une amante, Fumiko demande le divorce et retourne vivre chez sa mère et son frère Yoshio, qui prépare son mariage prochain avec Seiko.