En 1600, le navire hollandais L'Érasme s'échoue sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par un seigneur local, son pilote anglais John Blackthorne découvre un pays dont il ignore tout et dans lequel les missionnaires Jésuites portugais ont un pouvoir considérable. Protégé par le général en chef des armées de l'Est, le seigneur Toranaga, John Blackthorne, devenu Anjin-San pour les Japonais (« Honorable Pilote »), connaîtra une ascension fulgurante et deviendra samouraï.

Emu O'Hara, jeune peintre, est témoin du meurtre d'un gangster japonais sur les hauteurs de San Francisco. Le meurtrier, un élégant et beau jeune homme, verse une larme de remords. Cette marque d'humanité n'échappe pas à la jeune femme qui se sent, depuis l'enfance responsable de la mort tragique de ses parents. De retour à Vancouver, Emu est devenue un témoin capital que se disputent la police et le puissant chef yakuza Shimazaki, père du gangster executé par Crying Freeman.

Paul Racine est un puissant homme d'affaires informaticien. Un soir, il séduit une belle mystérieuse japonaise, Kirina, à Nagoya au Japon. Quelques minutes après qu'il ait quitté sa chambre, trois ninjas s'introduisent chez la jeune femme. Leur chef, le légendaire Kinjo, dont seule une poignée de fidèles connaît l'identité, annonce à Kirina qu'elle doit mourir pour avoir trahi son protecteur. Racine assiste impuissant à l'exécution et entrevoit le visage de Kinjo. Il devient la cible des assassins et pour survivre, il doit s'associer à l'illustre professeur d'arts martiaux Takeda et sa femme Mieko qui lui offrent de se réfugier sur leur île. Racine découvre alors un autre monde, régi par les codes traditionnels des samouraïs et leurs conception médiévales du courage et de l'honneur. Il découvre aussi que Takeda s'est servi de lui pour débusquer Kinjo, son rival de toujours…

Lorsqu'une présentatrice populaire d'une émission d'information aux heures de grande écoute devient suspecte dans une affaire de meurtre, son ex-mari - qui a travaillé comme procureur dans le passé mais travaille maintenant comme défenseur public - décide de défendre sa femme.