A la veille de la fête nationale du 4 juillet, Louise Harper apprend la mort de son mari Sam durant l'opération militaire "Tempête du désert". Jody, son jeune neveu en est très affecté car il a toujours considéré son oncle comme son héros. Le transfert du corps est organisé en vue d'une cérémonie officielle dans sa ville natale. En attendant il repose dans la chambre familiale. Au cours de la veillée mortuaire, Jody s'éclipse afin d'adresser un dernier adieu à Sam. S'approchant du cercueil pour y déposer les médailles militaires, il entend un bruit effrayant. La peur, l'horreur et la mort vont alors s'abattre sur les habitants de cette petite ville trop tranquille.

3 ans après avoir rétréci ses enfants, Wayne Szalinski a retrouvé un poste dans un laboratoire du Nevada, où il travaille sur un rayon de dilatation des molécules au Nème degré. Mais le projet lui est retiré. Frustré, il va expérimenter le rayon chez lui et, par mégarde, transformer accidentellement son petit dernier, âgé de 2 ans, Adam, en un véritable Godzilla en culottes courtes...