Au cours d'une plongée sous-marine, deux frères découvrent, au large du Danemark, un sous-marin, sous les flots depuis la Seconde Guerre Mondiale. Entrant dans le vaisseau pour en découvrir ses secrets, ils vont alors se retrouver pris au piège.

De retour chez lui, Jungle Jack retrouve ses amis les singes Zick et Zack et le serpent Cobra. Mais la quiétude n'est apparente vu que le producteur Conrad a décidé de l'enlever à nouveau. Il projette de se servir de Jungle Jack dans son prochain film...

Alors que Jack et Rita coulent des jours heureux dans leur petit coin de paradis, en compagnie de Charlie, de nombreuses personnes se mettent à la recherche de Jack, pour le capturer, chacun pour différents motifs. Jack va devoir faire face à ses vieux ennemis comme le docteur Sturmdrang ou encore que le Général Maximus.