Subaru Suméragi, 16 ans, est le treizième chef de la famille Suméragi, spécialiste de la technique du Yin et du Yang. Il partage sa vie entre sa sœur jumelle, Hokuto, son "pseudo petit-ami" Seïshiro Sakurazuka, et son métier, médium / exorciste. Les enquêtes du jeune homme nous entraînent à la découverte du côté sombre de la ville de Tōkyō et de ses habitants.

Saya Kisaragi est une jeune fille somme toute ordinaire vivant avec son père Tadayoshi, prêtre d'un temple shintoïste. Elle va au lycée, a des amis et est une incurable gloutonne, mais lorsque son devoir l'appelle, celle-ci part combattre des créatures appelées les Âgés (ou Anciens) avec l'épée sacrée qui se transmet dans sa famille. Cependant cet équilibre entre ses deux vies est petit à petit bouleversé lorsque son devoir rattrape son quotidien.

Alors qu'elles visitent tranquillement la Tour de Tokyo avec leurs écoles respectives, Shidô Hikaru, Ryûzaki Umi et Hôôji Fû sont invoquées par la princesse Émeraude pour devenir des Magic Knights et sauver le monde de Céphiro. Téléportées sur ce dernier qui sombre dans le chaos depuis que son pilier, la princesse Émeraude, a été enlevée par le grand prêtre Zagato, nos trois héroïnes rencontrent le mage Clef qui leur explique en partie la situation. Pour sauver le monde, Hikaru, Umi et Fû deviennent des Magic Knights. Mais sur leur chemin, de redoutables ennemis à la solde de Zagato les attendent, fermement résolus à les éliminer…

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.

Lors d'une visite scolaire dans la Tour de Tokyo, Hikaru, Fuu et Umi, collégiennes de quatorze ans, se retrouvent soudainement dans un monde mystérieux appelé Céphiro. Ce monde de Céphiro, dans lequel tout est déterminé par la volonté, est menacé de destruction. La princesse Émeraude, pilier du monde, a été séquestrée par Zagato, et ne peut plus prier pour la paix de Céphiro. Utilisant sa magie, la princesse Émeraude a donc appelé d'un autre monde trois personnes, qui devront devenir les légendaires Magic Knights et sauver le monde de la destruction en utilisant les Epées d'Escudo de Presea et les pouvoirs des Dieux-Runes ou demo-robot dans le manga, de gigantesques robots géants dotés d'une vie et d'une conscience propres.

De retour sur Terre, Hikaru, Umi et Fû ont du mal à reprendre leur vie quotidienne, leurs pensées restent tournées vers Céphiro et le terrible destin de la princesse Émeraude. Alors qu'elles se retrouvent à la Tour de Tokyo, elles prennent conscience qu'elles souhaitent plus que tout retourner dans ce monde de volonté. C'est alors que leur souhait se réalise. Une fois sur place, elles découvrent qu'il ne reste plus grand-chose des sublimes paysages et que des prétendants venus des trois pays voisins (Autozam, Chizeta et Fahren) se précipitent pour prendre la place du pilier mais surtout, pour annexer le pays…