Hiromi Maiharu vient de déménager à Kamakura. Pour profiter des magnifiques paysages de la ville, elle décide de se rendre à son nouveau lycée à vélo. Cependant, cela fait bien longtemps qu’elle n’a pas pédalé ! En chemin, elle rencontre Tomoe, et les deux filles rejoindront ensemble le club de cyclisme du lycée.

Approchez-vous des délinquants les plus exposés jamais filmés. Des témoins et des policiers racontent l'histoire de crimes dangereux commis totalement nus. Qu'il s'agisse de cambriolages à poil ou de conduites en état d'ivresse, ces délinquants ne laissent rien passer.

Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James

L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.

Thaïlande, XVème siècle. Laissé pour mort, Tien est ressuscité à l'aide d'une femme et des habitants de son village. Il doit retrouver ses forces pour venger son peuple oppressé et affronter le roi et ses étranges soldats dans un dernier combat.

Durant l’ère Edo, deux clans convoitent mutuellement l’épée Ginryu, l’un des biens les plus précieux de la famille Sugawara. Shuranosuke Sakaki, un jeune homme expert en sabre mais de caractère austère et distant, accepte d’aider le clan Nakura à délivrer la princesse Mayu, retenue en otage par le clan ennemi en échange de l’épée Ginryu.

Shinichi Kudo, 17 ans, est un maître détective respecté malgré son jeune âge. Mais c'est précisément ce qui lui fera du mal quand il est empoisonné par deux hommes en noir et devient ainsi un enfant. Depuis lors, il enquête en tant que Conan Edogawa pour continuer à résoudre des affaires pénales et à condamner les hommes en noir.

Au XXIIe siècle, la Lune et Mars ont été colonisées par les Terriens. Elles ont été rendues vivables grâce à la technologie des nanomachines. Mais des vaisseaux hostiles d'origine inconnue détruisent les vaisseaux chargés de protéger Mars. Les colonies fondées sont rapidement détruites. Tenkawa Akito, un jeune pilote, se retrouve projeté mystérieusement sur Terre, à la suite de la destruction de sa colonie, Utopia. La NERGAL, une riche organisation, construit un vaisseau de combat extrêmement avancé, dans le but de retrouver des survivants sur Mars. Les membres de l'équipage sont recrutés parmi les meilleurs éléments de la population terrienne. En suivant Yurika Misumaru - amie d'enfance mais également capitaine du Nadesico - Akito se retrouve enrôlé contre son gré en tant que cuisinier, mais en tant qu'ex-pilote il se retrouvera de plus en plus fréquemment au front.

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth

U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi.

Dans un conflit entre deux puissances pour le contrôle de l’ascenseur orbital, le pilote Kei devra prendre une décision irrémissible, aux conséquences inattendues…

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…

L'histoire se déroule en France, vers la fin de la Guerre de Cent Ans. Maria est une sorcière vivant dans une forêt à proximité d'un petit village de paysans. Elle y vit seule avec Artémis, la succube qu'elle a créé, et qu'elle envoie la nuit aux soldats de l'armée britannique afin de changer le cours des combats. Toutefois, Maria n'aime pas les conflits. Alors quand Anne, la petite-fille d'une de ses amies, vient lui demander de sauver son père, elle décide d'intervenir pour faire cesser les combats. Elle va ainsi s'attirer les foudres de l'Archange Michael, qui lui impose une étrange malédiction : Maria perdra ses pouvoirs si elle perd sa virginité !

Les Twin Angels sont deux jeunes collégiennes qui luttent contre des forces obscures grâce à des pouvoirs confiés par un drôle de hérisson. Meguru espère être digne d’une héroïne tandis que Sumire est plus effacée à cause de son éducation très stricte. Malgré leurs différences, les Twin Angels devront apprendre à se connaître et unir leurs forces pour mener à bien leurs périlleuses missions.

Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear « Japanese Bullet » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d’atteindre 1000KM/h, sera inauguré à l’ouverture des JSM. Lors d’une fête organisée pour les sponsors des jeux, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.

Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).