C’est le mois d’avril, les cerisiers sont en fleur et Sakura entame son année de cinquième. Elle y retrouve son ami Shaolan qui était retourné un temps à Hong Kong. Mais leur quotidien paisible est rapidement bouleversé par une activité anormale des cartes de Clow. De mystérieux évènements s’enchaînent dans la ville de Tomoeda. Sakura est alors guidée par la « clé » rencontrée en rêve. La collecte des cartes reprend de plus belle ! C’est alors qu’une nouvelle élève fait son apparition…

La vie de Sakura bascule le jour où, dans la bibliothèque de son père, elle ouvre le livre de Clow et laisse accidentellement s'échapper les cartes magiques qui s'y trouvaient. Devenue chasseuse de cartes, elle doit, avec l'aide de Kero, le gardien du livre, retrouver les cartes disparues...

Nouvelle année scolaire et poursuite de la chasse aux cartes. Sakura rentre en cinquième année, soit en CM2. Alors qu’elle continue à attraper les cartes, Keroberos semble réticent quant au moment où toutes seront rassemblées. En effet, on s’en approche à grand pas et Sakura devra bientôt faire la rencontre de Yue, le grand juge et second gardien du livre de Clow. Et sans le savoir, ce dernier se trouve déjà à ses côtés.

Les cartes toutes rassemblées et en possession de leur nouveau maître, la chasse a fini par prendre fin et le jugement final a pu avoir lieu. Mais voilà que d’étranges évènements surviennent à nouveau. Est-ce lié à ce nouvel élève de la classe de Sakura, Eriol Hiragisawa ? Alors que Sakura tente de remédier à un premier mystérieux phénomène, elle est surprise de ne parvenir à utiliser le sceptre avec la formule d’origine. Sans doute doit-elle en utiliser une qui invoquerait le pouvoir de sa propre étoile. Mais avec cette nouvelle utilisation, les cartes elles aussi doivent être changées et transformées, dès lors, en cartes de Sakura.

L’histoire d’une chasseuse de cartes naît. Sakura voit sa bousculée dès lors qu’elle se doit de capturer toutes les cartes de Clow qu’elle a malencontreusement laissé s’échapper. Accompagnée de Keroberos, la bête du sceau, et de Tomoyo (Tiffany ), sa meilleure amie, elle vit assurément de nombreuses aventures. La jeune fille fait également de nouvelles connaissances, notamment celle de Shaolan Li (Lionel ), un descendant direct de Clow et arrivant de Hong-Kong afin de récupérer les cartes qu’il estime lui revenir. De même, fait-elle la connaissance de Mei-Lin (Stéphanie), la cousine du jeune garçon, et de Kaho Mizuki, un bien curieux professeur.

Amitabha Roy tombe en panne près d'un salon de thé tenu par le couple Gupta. Le propriétaire du lieu, s'ennuyant ferme, lui offre le gîte et le couvert pour avoir un peu de compagnie. Mais il ne se doute pas que sa femme Karuna a vécu une aventure avec cet invité, quelques années auparavant. Amitabha, retrouvant par ce hasard son ancienne maîtresse, décide de tout faire pour la reconquérir.