Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...

Ryo Saeba est un détective privé et un nettoyeur qui débarrasse la société du mal sous le pseudonyme de City Hunter. Il travaillait avec sa partenaire Kaori Makimura, mais celle-ci décède dans un accident. Son cœur est volé et transplanté à Xiang-Ying, une tueuse qui a voulu se suicider. Mais le cœur de Kaori veut revoir Ryo et entraine Xiang-Ying à la recherche de Ryo Saeba.

2038, la domination des ordinateurs est une réalité, l'homme est la dernière défense dans la grande guerre des robots. L'histoire de l'humanité a pris un tournant décisif, la planète étant dirigée par des ordinateurs ultra-perfectionnes disposant de puissant robots. Malheureusement, une longue période de paix et de prospérité prend fin brutalement lorsque le plus puissant des ordinateurs, Chiron 5, déclare la guerre à la race humaine.

A la fin de la Seconde Guerre mondiale, le calvaire des derniers soldats japonais, pris entre les guérilleros philippins et les troupes américaines.

Hirata rêve de devenir réalisateur, mais ses ambitions sont contrariées par une sanglante lutte entre clans yakuzas. En effet, celle-ci implique les parents de Mitsuko, une des actrices du film qui doit tourner avec le cinéaste en herbe…

Malgré un début de carrière d’écrivain prometteur, Ryota accumule les désillusions. Divorcé de Kyoko, il gaspille le peu d’argent que lui rapporte son travail de détective privé en jouant aux courses, jusqu’à ne plus pouvoir payer la pension alimentaire de son fils de 11 ans, Shingo. A présent, Ryota tente de regagner la confiance des siens et de se faire une place dans la vie de son fils. Cela semble bien mal parti jusqu’au jour où un typhon contraint toute la famille à passer une nuit ensemble…