Dans cette saison, le Docteur doit garder un coffre géant qu'il a caché dans les sous-sols de l'université où il enseignera. Au fur et à mesure, on devine que l'entité qui est à l’intérieur est toujours vivante... Dans cette université, il va rencontrer celle qui deviendra sa nouvelle compagne Bill Potts et Nardole, qu'il avait rencontré dans l'épisode de Noël 2015: Les Maris de River Song, restera à ses cotés tout au long de la saison. Bill Potts tiendra le rôle de compagne , là où Nardole tiendra un rôle un peu plus effacé d'assistant.

Ceci est la deuxième série mettant en vedette Peter Capaldi comme étant le douzième Docteur, un Seigneur du Temps extraterrestre qui voyage à travers le temps et l'espace dans son TARDIS, qui semble être une boîte de police britannique à l'extérieur. Jenna Coleman sera de retour comme le compagnon du Docteur Clara Oswald.

Le Docteur a plus de 2000 ans. Le fil conducteur de cette saison est l'évocation d'une mystérieuse "Terre Promise". Le nouveau Docteur semble plus distant et difficile à cerner, la saison tourne autour d'une question: le Docteur est-il un homme bon ?

Après sa régénération explosive, le Onzième Docteur est propulsé dans le Londres de 1996. Celui-ci fait la connaissance d'une jeune londonienne, Amy Pond, qui devient son assistante. Bientôt rejoint par Rory Williams, petit ami de cette dernière, il se retrouve confronté à l'omniprésence de failles spatio-temporelles menaçant l'univers tout entier. S'ajoutent à cela le retour d'anciens ennemis pour affirmer que les nouvelles aventures du Docteur ne seront pas de tout repos...

Le Docteur et Rose s'embarquent pour de nouvelles aventures dans le temps et dans l'espace à bord du Tardis. Mais quand ils visitent le nouveau refuge de l'humanité, loin dans le futur, ils découvrent de terribles secrets cachés dans l'enceinte d'un luxueux hôpital. Qu'est ce que l'Institut Torchwood ? Que va t-il se passer pour que Rose devienne comme l'a dit la Bête : "la petite fille qui mourra si tôt dans la bataille" ?

La neuvième incarnation du Docteur rencontre Rose Tyler qui devient sa toute nouvelle compagne. Ensemble, ils explorent notamment l'an cinq milliards et le Londres du Blitz où ils rencontrent le Capitaine Jack Harkness. Cependant dans cette saison, l'élément commun à tous les épisodes est la présence du mot « Bad Wolf » (« Méchant loup »), dont la signification est expliquée dans les deux derniers épisodes.

Dès le début de la saison, le Docteur est tué au bord du Lac Silencio. Cette saison raconte le passé du Docteur précédant cette mort. Nous en saurons un peu plus sur River Song.

La Docteur continue ses voyages avec sa Tribu, lors d'un passage sur Terre le MI6 vient lui demander son aide. Après avoir retrouvé un vieil ennemi, elle va également se trouver confronté à des situations perturbantes et découvrir des choses incroyables qui vont lui montrer que tout ce en quoi elle croyait serait un mensonge.

Marqué par la disparition de Rose Tyler, le dixième Docteur rencontre alors Martha Jones, jeune interne en médecine, qui tombe aussi amoureuse de lui. Dans cette saison comme dans la première, l'élément commun est l'évocation récurrente d'un mot à savoir ici "Harrold Saxon", qui n'est autre qu'un ancien ennemi du Docteur, le Maitre. Il n'apparaît vraiment que dans les derniers épisodes de la saison, qui se termine sur le départ de Martha Jones, laissant le Docteur une nouvelle fois seul.

Le Docteur enquête sur une nouvelle pilule miracle pour maigrir derrière laquelle se cache une terrible vérité. Donna Noble enquête aussi sur la même affaire... Dans cette saison , le Docteur va entendre parler de planètes qui disparaissent.A cause de qui et comment ont elles disparu ?

"Les derniers jours des Pond arrivent" Le temps passe et les apparitions du docteur dans la vie des Pond se font de plus en rares, il manque à nos deux amoureux c'est bien réciproque, encore quelques aventures avant de retournée à leur vie maritale? La vie ayant ses priorités, il est temps pour notre docteur de se trouver une nouvelle compagne pour ses aventures, mais, qui sera t'elle? Où et comment le Docteur la rencontre font partie d'un plus grands mystères que le Seigneur du Temps n'a encore jamais rencontré....

Alors que la Docteur accompagnée de Yaz cherche des réponses sur son passé, elle est entraînée dans une course poursuite pour sauver l'Univers du Flux. Un nouveau compagnon, Dan Lewis, rejoint le Tardis et les aidera à combattre les terribles Ravageurs.

Le Docteur vient de se régénérer et est désormais une femme. Elle est éjectée de son Tardis et atterrit dans un train où il se passe des trucs étranges. Elle rencontre ainsi Graham O'Brien, Ryan Sinclair et Yasmin Khan qui vont se retrouver embarquer malgré eux dans ses aventures dans l'espace et le temps.

Paris, années 60. Jean-Louis Joubert, agent de change rigoureux et père de famille "coincé", découvre qu’une joyeuse cohorte de bonnes espagnoles vit au sixième étage de son immeuble bourgeois. Maria, la jeune femme qui travaille sous son toit, lui fait découvrir un univers exubérant et folklorique à l’opposé des manières et de l’austérité de son milieu. Touché par ces femmes pleines de vie, il se laisse aller et goûte avec émotion aux plaisirs simples pour la première fois. Mais peut-on vraiment changer de vie à 45 ans ?

Carole est une informaticienne introvertie qui vit encore chez sa mère. Caroline est une pickpocket rebelle qui écume les grands hôtels de la côte d’Azur. Les deux jeunes femmes ne se connaissent pas et n’ont rien en commun. Rien, sinon leur père, envolé avant leur naissance et qu’elles n’ont jamais vu. Jusqu’au jour où… Patrick ressurgit ! Ce voleur international recherché par toutes les polices a frôlé la mort, et décide de rattraper le temps perdu en réunissant ses deux filles autour d’un but commun : le casse d’un Stradivarius à 15 millions d’euros… Entre les bourdes, l’amateurisme et les chamailleries de ses deux filles, Patrick comprend vite que ce braquage ne va pas être une promenade de santé…

Dernier représentant des Seigneurs du temps et âgé de plus de 900 ans, Le Docteur parcourt l'espace et le temps dans son TARDIS. Amoureux de la race humaine, il se fait régulièrement accompagner par une femme ou un homme. Partagé entre folie et génie, insouciant mais conscient de ses responsabilités, il défendra l'humanité quel que soit le prix à payer.

De nos jours, en Espagne... Paula quitte Pedro, qui va noyer son désespoir auprès de ses meilleurs amis, Javier et Sonia. Mais Javier est justement le nouvel amoureux de Paula ! Sonia, qui est également l'amie de Javier passe une nuit avec Pedro. Mais Javier l'ignore : il est déjà angoissé par le fait que Sonia pourrait le tromper avec... Lucia, une amie lesbienne !

Simon, jeune écrivain, se trouve indirectement mêlé au déclenchement d'un jeu de rôles criminel, qui a pour cible les manifestations religieuses de la semaine sainte a Seville. Manipulé, mené a bout et meme suspecté, il décide de rentrer dans ce jeu de massacre pour y mettre un terme definitif.

L'histoire commence à la cour du roi d'Espagne au XVe siècle. Rodrigo Díaz de Bivar est un noble qui s'est lié d'amitié avec le fils du roi, Sanche, futur héritier du trône. Rodrigue s'éprend de Chimène, la fille du comte Gormas, mais celui-ci désapprouve cet amour. À la mort du roi Ferdinand, la stabilité politique du royaume est remise en cause, et plusieurs complots aboutissent à la mort de Sanche. Rodrigo est injustement accusé et exilé. Il entame une carrière militaire brillante, affronte les Maures et se couvre de gloire sous le nom de « Cid Campeador »