Sara, la fille de Eve, est le dernier espoir de la troisième génération de mutant menacée d'extinction Les extraterrestres sont parmi nous. Les autorités fédérales et les scientifiques en décousent maintenant avec la troisième génération de mutants, génétiquement modifiée et mise au monde par Eve, juste avant de mourir. L'enfant est recueilli en secret par le professeur Abbot, chercheur en biologie moléculaire. En quelques jours, la jeune fille mue en adulte et le scientifique découvre la vulnérabilité de l'espèce qui périclite en se reproduisant. Déterminé à sauver sa progéniture alien et à remporter un prix Nobel, Abbot ambitionne d'élaborer une lignée de cellule souche invulnérable à partir des œufs de sa protégée, Sara...

Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète pour son bébé… Michael Scofield tentera de sauver Sara dans cette ultime trame qui conclut la série. Pour ce faire, il se fait aider par ses anciens complices et amis : Lincoln Burrows, Fernando Sucre et Alexander Mahone.

Nicolas Shaw est un agent spécial américain à la retraite. Parallèlement, il fait partie d'une équipe d'élite "secrète" qui élimine les pires tueurs du monde. Après avoir été accusé de l'assassinat d'un membre de son équipe, Nicolas Shaw doit laver son nom et empêcher le meurtre des autres agents...

Un couple de Baltimore reçoit par la poste un colis. Le courrier contient une bombe qui tue sur le coup James Carrigan et plonge sa femme dans un profond coma. Les inspecteurs des Postes Frank Hughes et Alex Urbina sont aussitôt chargés de l'enquête.