Jeux Olympiques de Munich, 5 septembre 1972. Un commando de terroristes palestiniens prend en otages puis exécute 11 membres de l'équipe sportive israélienne, sous l'œil des téléspectateurs du monde entier. Inspiré de faits réels, Munich retrace le parcours de 5 agents israéliens chargés de traquer les 11 palestiniens considérés comme les commanditaires de l'attentat. Pour mener à bien cette mission, les 5 hommes devront renoncer du jour au lendemain à leur identité, et s’exposer à tout moment à la vengeance de leurs cibles.

Jonathan a 12 ans. Il est brillant, peut-être un peu trop. C’est pour ça que tout le monde s’en prend à lui à l’école, même ses profs. Son meilleur ami est son père, Daniel, qu’il retrouve après l’école, durant ses heures de travail à la banque. Daniel, chargé de la sécurité de la banque meurt d’une crise cardiaque lors d’une garde de nuit, en présence de son fils qui ne peut le sauver. Avec l’aide d’Eliyahu, son grand-père grincheux, de Nick, l’ami rusé d’Eliyahu, et d’un Lord excentrique tombé en disgrâce, Jonathan a un plan fou pour sauver sa famille et faire payer l’ancien patron de son père : dévaliser la banque !

Ariel, un jeune Juif français, décide de quitter sa famille pour partir en Israël et devenir un agent du Mossad, les services secrets israéliens. En participant à des missions à Paris, Tel Aviv et Washington, il sera initié à l'art délicat de la manipulation.

Un agent des services secrets américains est chargé de sauver la fille du Président des Etats-Unis et de déjouer un complot visant la Maison Blanche.

L'ambassadeur américain en Israël tente de résoudre la question palestinienne, mais est critiqué de toutes parts.