Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Le détective Joji Kano (Sonny Chiba), d’Okinawa, débarque à Tokyo afin de vérifier si une jeune fille morte est bien la même qu’une fille portant le même nom, et disparue cinq années auparavant de son village natal d’Ishigaki.

Takuma Tsurugi est engagé par les yakuzas afin de faire taire plusieurs témoins gênants. Le travail effectué, ses employeurs décident de l'éliminer à son tour.

Kawada est un yakuza dont la tête est mise à prix par le chef d'un clan de la région d'Hokuriku. Ce dernier fait appel aux autres clans pour le liquider, mais c'est sans compter sur Kawada, bien décidé à se venger par tous les moyens.

Une bande de yakusas est sur le point de prendre en otage la fille d'un riche homme d'affaires spécialisé dans le pétrole. Les yakusas demandent de l'aide à Takuma Tsurugi, mercenaire expert en arts martiaux. Celui-ci accepte mais, lorsqu'il s'aperçoit que les yakusas l'arnaquent, il décide de protéger la jeune fille plutôt que de la kidnapper.

Japon, 1963. Dans une ville portuaire de la région d'Hiroshima, les clans Ohara et Kawadé se livrent une guerre sans merci pour le contrôle du territoire. Consterné par le laxisme du commissaire local, le gouvernement crée une brigade anti-gang. Les méthodes de la nouvelle équipe, incorruptible et violente, provoquent des tensions avec la police, qui entretient des liens étroits avec le clan Ohara...

Deux histoires se déroulant à Edo à l'époque du Shogun. 1 - A une époque où les chrétiens sont persécutés avec véhémence, Iori tombe amoureux d'une jeune chrétienne. Lorsqu'elle et sa famille sont capturées lors d'un raid, son maître sadique la prend comme esclave personnelle pour tourmenter Iori et tente de briser son esprit par le viol, la torture et le sadisme pur. Après qu'Iori ait refusé de participer plus longtemps, il est exilé, mais jure de la récupérer quoi qu'il en coûte. 2 - Lorsque Sutezo est contraint de servir le maître violent d'un bordel afin de rembourser ses dettes, sur place, il se lie d'amitié avec une jeune fille nommée Sato. Ensemble, ils s'échappent et tentent de se débrouiller en vivant d'escroqueries et de petits larcins.

Alex Santana travaille dans une unité spéciale de la police. Lorsque la vie d'otages est en jeu, c'est à lui que sa hiérarchie fait appel pour sauver la situation. Santana doit, sans violence, par la parole, convaincre les forcenés de relâcher leurs victimes et de rendre les armes.

Basé sur des faits réels, le film raconte la lutte pour l'hégémonie d'un nouveau gang reconstitué sur les ruines de l'après-guerre dans la région d'Hiroshima.