Suite au suspense de la finale de la saison deux, la saison trois de Defiance s'ouvre à la veille d'un siège militaire imminent sur la ville, qui traverse une période difficile après l'écroulement de ses mines lucratives.

Lorsque la trame de « Defiance » reprend, la vie des habitants est en pleine tourmente. La république de la Terre a pris le contrôle de la ville, entraînant des conséquences considérables, dont un nouveau maire.

Nous sommes en 2046, la Terre a un nouveau visage et de nouvelles règles. Plus de trente ans après le débarquement de diverses espèces extraterrestres, le paysage a complètement changé et plus rien n’y est plus comme avant.

Hubert Wolfe, auteur à succès, est victime du syndrome de la page blanche depuis longtemps. Ainsi, il a souvent fait appel à un écrivain fantôme, le talentueux, mais taciturne Dany. Alors que la date de tombée de son prochain roman approche, Wolfe nécessitera encore l'aide de son complice secret. Mais ce dernier traverse des moments difficiles et se trouvera lui-même devant une page blanche. Il engagera donc un deuxième écrivain fantôme, Quentin, un éducateur en garderie qui vit sous le joug de sa mère. Ils seront tous amenés à se déplacer du côté de la Louisiane alors que Quentin partira à la recherche d'une serveuse qui devait simplement servir d'inspiration pour le roman.

Après la mort de Valentin, les créatures du monde obscur et les shadowhunters essayent de revenir à une "vie" normale. Clary lutte à garder son secret, par rapport à l'ange Raziel pendant que Alec pousse Jace à confesser le secret que Clary et lui cachent. Luke doit utiliser un "amour dur" pour cacher son secret à Ollie qui est sur le point de trouver des réponses à ses interrogations. Magnus cache ses vrais sentiments, à propos de sa nouvelle position dans la communauté des sorciers, à Alec. Pendant ce temps, Lilith met en place un plan à New-York alors que Simon passe du temps à la cour des lumières avec la Reine des Fées.

L'Institut est en état d'alerte, Valentin est en possession de la coupe et Jace l'a rejoint. Clary, Isabelle et Alec vont devoir vite passer à l'action s'ils veulent sauver Jace ainsi que la ville. Mais l'arrivée de nouveaux représentants de l'Enclave va vite ralentir leurs plans. Après avoir attrapé Valentin et l'avoir emprisonné, le Monde Obscurs tente de se remettre de cette terrible épreuve après avoir connu d'innombrables pertes. Alors que Jace et Clary tentent de faire parler Valentin en le torturant, une alliance est créée pour tenter de reconstruire les relations avec les différentes créatures du Monde Obscurs, alors que pendant ce temps-là, un mystérieux shadowhunter du nom du Sebastian Verlac les rejoint dans la bataille et que la reine des fées s'intéresse fortement à Simon Lewis devenu un vampire diurne.

Sergei Karpovich règne sur un réseau de prostitution qui kidnappe des jeunes femmes aux quatre coins de la planète. Certaines pensent qu'elles quittent leur pays pour devenir mannequins mais se retrouvent séquestrées et abusées. A New York, Kate Morozov mène l'enquête pour mettre un terme à ce trafic, aidée de Bill Monroe, agent américain de l'immigration et des douanes.

Barney Panofsky, un homme apparemment ordinaire mène une existence extraordinaire. Sa première femme Clara, est une rousse incendiaire, infidèle et libre d’esprit… La seconde "madame P." est une riche princesse juive préoccupée par son paraître. Miriam sa troisième épouse, deviendra la mère de ses deux enfants et l’amour de sa vie. Barney est soupçonné d’avoir assassiné Boogie, son ami qu’il admire. Sa disparition entraîne Barney dans le dédale de sa vie…

Ethan Powell, brillant primatologue, a vécu dans la jungle rwandaise une expérience limite qu'aucun être civilisé n'avait jamais connue. De ce mystérieux voyage initiatique, conclu dans un bain de sang, Powell est revenu brisé, hagard, muré dans un silence obstiné. Accusé d'avoir tué trois gardes forestiers, l'"Homme perdu" a été transféré à la prison d'Harmony Bay. Theo Caulder, psychiatre à l'université de Miami, se voit confier l'expertise de l'état mental de Powell. Compétent et ambitieux, Theo voit là l'occasion de se faire un nom et de devenir célèbre.

Clarissa « Clary » Fray est une jeune adulte de 18 ans qui vit à New York avec sa mère et étudie l'art. Lors d'une soirée dans un club new-yorkais, elle assiste au meurtre d'une femme par trois jeunes étranges qu'elle seule semble voir et tue par accident un homme. De retour chez elle, sa mère, Jocelyn, lui révèle leur véritable nature : elles descendent d'une longue lignée de Shadowhunters, des chasseurs de démons mi-anges mi-hommes. Mais avant de pouvoir lui en dire plus, des hommes viennent les attaquer, pour récupérer "la coupe mortelle". Ce qui pousse Jocelyn à téléporter Clary ailleurs. Clary fait alors la rencontre de Jace, l'un des jeunes du club mais surtout un Shadowhunter. Au côté d'autres Shadowhunters, il lui fait découvrir lInstitut ainsi qu'un monde surprenant et peuplé de Créatures Obscures telles que les vampires, les loups-garous, les sorciers, les fées et autres démons. Clary va tenter de comprendre ce monde particulier auquel elle appartient depuis toujours sans le savoir et de sauver sa mère.

Une coach spécialisée en amour, mais célibataire endurcie, tente de séduire un prince alors qu'elle l'aide à naviguer dans le monde du dating à New York.

Kate a toujours baigné dans l'univers de la mode puisque son père et son insupportable belle-mère possèdent une entreprise de stylisme qui s'inspire des vêtements conçus par des créateurs de haute-couture, avec qui Kate rêve de travailler depuis toujours. Malgré son talent, la jeune femme n'arrive pas à percer dans le métier. Elle décide à contre-coeur d'être embauchée par son père, mais se fait voler ses idées par sa belle-mère et ses demi-soeurs. Afin de prouver à tout le monde les manigances qui se trament dans la société, la jeune femme se fait aider d'un vendeur de chaussures dont elle va tomber amoureuse.

Une mystérieuse cassette VHS mène un policier S.W.A.T. l'équipe à la découverte d'un culte sinistre dont la collection de matériel préenregistré révèle une conspiration cauchemardesque.