Allison est désormais la protectrice du manuscrit. Une fois encore, une bande d'anges renégats arrive sur Terre pour détruire l'humanité et reprendre le manuscrit....

Sept ans après l’invasion des morts, Justine, une jeune rebelle de 16 ans, trouve un ordinateur portable et se retrouve au cœur d’un cauchemar mortel après l’avoir allumé par curiosité.

Rokujo Miharu est un garçon comme les autres, mais il a en lui une technique secrète très puissante appelée « Shinrabanshō » convoitée par de dangereux ninjas. Kouichi Aizawa crée un club de ninjas dont le professeur Kumohira est responsable, tous deux sont des ninjas qui cherchent à protéger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils le forcent à faire partie de leur club de ninja pour qu'il apprenne à se défendre afin qu'il devienne le seigneur de Nabari, le monde des ninjas.

Alors que le combat entre le Paradis et les Enfers continue, la jeune Allison est amenée à protéger un ancien manuscrit d'une bande d'anges renégats. Dans un même temps, un nouvel ennemi fait son apparition sur Terre....