En voulant arrêter en 1996 le psychopathe Simon Phoenix, le sergent John Spartan se rend coupable d'homicide par imprudence et est condamné à l'hibernation, tout comme Phoenix. Ce dernier s'évade en 2032 et se révèle trop fort pour une civilisation où le crime a disparu. Seule chance de l'arrêter : un flic des années 1990... John Spartan.

Nous suivons Akari Mamiya, une adolescente de rang E assez maladroite qui cherche à marcher sur les traces de son idole Aria H. Kanzaki. Elles deux vont au lycée pour Butei qui emploie un système du nom d'Amica qui permet d'avoir un partenaire plus haut classé que soi. C'est pour cela qu'Akari va tout faire pour être appareillée avec elle.