Kiyo et Sumire sont deux amies d'enfance originaires de la préfecture d'Aomori, au nord du Japon. Elles sont venues jusqu'à Kyoto dans l'espoir de devenir maiko, une apprentie geisha. Mais après quelques imprévus, Kiyo se retrouve à travailler comme cuisinière dans une demeure de maiko. De son côté, Sumire rêve toujours de poursuivre son rêve et débute son apprentissage aux côtés des autres maiko de la maison. Toutes les deux fréquentent le quartier de Kagai à Kyoto, célèbre pour ses geishas.

Dans un monde virtuel constitué d'une multitude de dimensions, Dual et Dorothy ont pour mission d'éradiquer les virus qui menacent chacun de ces espaces. Et la règle est simple : tout monde infecté doit être systématiquement détruit. C'est leur travail, et elles seules en ont la responsabilité. Un jour, Dual et Dorothy découvrent une jeune fille attaquée par des virus. Elles parviennent néanmoins à la sauver, mais cet être semble rempli de mystère. Qui est-elle ?