Alors que l'alchimiste Edward Elric cherche un moyen de reconstituer le corps de son frère Al, le gouvernement militaire et de mystérieux monstres le surveillent de près.

Le long et tortueux périple des frères Elric s'achève dans ce dénouement épique, où ils doivent combattre une menace qui se veut divine et pourrait détruire leur nation.

Lorsqu'un personnage mystérieux commence à cibler les alchimistes d'État pour leurs péchés contre Dieu, l'alchimiste Edward Elric et son frère Alphonse sont les plus vulnérables, tandis que les homoncules recommencent à se dévoiler.

Pour tenter de la retrouver, le médecin Iwamori Akira se rend dans le village natal de sa femme qui a disparu. Les lieux sont particulièrement animés en raison des préparatifs d'une importante fête religieuse qui ne se tient que tous les douze ans. Cependant, derrière cette agitation se cachent également des tensions et des rancœurs qui donnent lieu à des conflits familiaux ou de générations. Un orage va s'abattre sur la localité et la couper du reste du monde. C'est alors que les morts vont commencer à s'enchainer.