L'histoire d'un homme discipliné et sexuellement motivé qui maintient sa famille isolée dans sa maison pendant des années afin de les protéger de la « nature perverse » des êtres humains tout en inventant (avec sa femme) de la mort aux rats.

Mexique, 1900, pendant le règne du dictateur Porfirio Diaz. Un prêtre, Nazarin, protège les parias et subit l'opprobre de ses pairs et de ceux qu'il défend. A cause de sa grande charité, lui-même vit dans une indigence proche de la misère. Il se sacrifie et se dévoue tout en se sachant violenté, incompris, méprisé, insulté. Il forme un étrange trio avec ses deux suivantes, la pécheresse Béatriz et la prostituée Andara. Nazarin poursuit son chemin, empruntant le chemin de croix du Christ.

Pour la veille de son anniversaire, Amelia et son mari sont invités au manoir que possède sa tante Selma. En route, on lui apprend que de mystérieux meurtres se seraient produits à proximité du château et que ce dernier serait hanté. À son arrivée, elle constate que ce sont bien plus que des rumeurs et apprend la raison pour laquelle Selma la demande à ses cotés...