À Tokyo, durant l’ère Meiji, Ocho est une joueuse et une pickpocket. Aidée par un aventurier solitaire, elle enquête sur un gang usant de prostituées pour passer de l’héroïne en contrebande de Chine…

Les habitants de l'ile de Kurage vivent selon les coutumes traditionnelles et croient toujours a la légende selon laquelle le dieu du frère et de la sœur créa leur ile au milieu de la mer de Chine. "Profond Désir des dieux" raconte l'histoire de Nikichi qui aima sa sœur Uma. Il fut puni par son père qui l'enchaîna à un rocher. Les années passent, le frère et la sœur se retrouvent. Mais l'amant d'Uma, le chef de l'ile, est retrouvé mort. Les habitants, convaincus de la culpabilité de Nekichi, les tuent. Cinq ans plus tard, des touristes innocents envahissent l'ile.

Un groupe d'assassins se réunit pour une mission suicide dans le but de tuer un seigneur cruel.

Zatoichi, dont la tête a été mise à prix, vient trouver refuge dans un village qu’il visita 3 ans auparavant. Mais l’endroit est depuis tombé entre les mains du parrain Masagoro, réputé pour avoir dérobé une cargaison d’or du Shogun. Masagoro vient d’embaucher un mystérieux garde du corps (Toshiro Mifune), amoureux de la maîtresse d’un marchand, père et rival de Masagoro. Ichi se fait recruter par ce marchand et commence à entretenir une étrange amitié / rivalité avec le garde du corps. La guerre entre les clans gronde...