Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.

Les aventures de Meilin Lee, une jeune adolescente de 13 ans, pleine d’assurance, mais tiraillée entre son image de petite fille modèle aux yeux de sa mère hyper protectrice et le chaos de l’adolescence. Et comme si tous les changements qui s’opèrent en elle ne suffisaient pas, chaque fois qu’elle est débordée par ses émotions - ce qui, pour une ado, arrive quasiment tout le temps - elle se transforme en panda roux géant !

Plusieurs années après avoir quitté Storybrooke, Henry, désormais adulte, vit à Seattle comme chauffeur de taxi. Victime d’une nouvelle malédiction, il n’a plus aucun souvenir de son passé, ni de l’existence de la magie. Mais sa fille Lucy, accompagnée de Regina, Tracassin et Crochet, est déterminée à lui rappeler sa véritable identité. Ceci afin de l'aider à rompre le sort qui affecte les habitants de Storybrooke.

Emma, Blanche Neige, Charmant, Regina, Crochet et Tracassin font cap vers le Pays Imaginaire pour sauver Henry de l’infâme Peter Pan et de son ombre maléfique. De retour à Storybrooke, une nouvelle malédiction contraint Emma et Henry à refaire leur vie à New York sans aucun souvenir de leur véritable identité. Mais un an plus tard, la Sauveuse est appelée une fois de plus à la rescousse quand Zelena, la méchante sorcière de l’Ouest, arrive dans la ville pour mettre à exécution sa terrible vengeance.

Emma et le Capitaine Crochet reviennent de leur voyage dans le temps accompagnés d’Elsa. Cette dernière, qui est prête à tout pour rerouver sa sœur Anna, pourrait mettre toute la ville de Storybrooke en danger. Pendant ce temps, Regina et Henry sont à la recherche de l'auteur du livre des contes dans l’espoir d’un dénouement heureux à leur histoire. Mais Tracassin, qui a été banni de Storybrooke, s'allie avec les trois reines des ténèbres, Cruella d'Enfer, Ursula et Maléfique, afin de réécrire le livre au profit des méchants.

Destinée à devenir la Ténébreuse et craignant de succomber à la magie noire, Emma se rend à Camelot avec sa famille dans l’espoir d’obtenir l’aide de Merlin. Alors qu’ils sont trahis par le Roi Arthur, Emma et ses proches sont contraints de rejoindre le royaume des enfers pour tenter de sauver le Capitaine Crochet.

La méchante Reine est désormais une entité bien distincte de Regina. De retour à Storybrooke, elle a l’intention de semer le chaos au côté d’un nouvel arrivant, Mr Hyde. Belle et Tracassin, quant à eux, se disputent à propos de l’avenir de leur futur enfant, tandis qu’Emma prend connaissance d’une sinistre prophétie concernant son destin de Sauveuse.

Lorsqu'une jeune adolescente fait le voeu de Noël que sa famille l'entende vraiment, elle se met à raconter à tout le monde, de façon incontrôlée, ce qu'elle pense vraiment.

Nory Boxwood Horace, 13 ans, et sa meilleure amie, Reina Carvajal, entrent à l’Académie Sage pour étudier la magie. Reina, qui n’a pas son pareil pour maîtriser le feu, est la meilleure élève de sa classe. À l’inverse, Nory qui maitrise mal ses pouvoirs et a plutôt tendance à se transformer en draton (une créature mi-dragon, mi-chaton), se trouve reléguée dans la classe ‘Unité de Mal-gie’ avec le « professeur » Budd Skriff, où on va plutôt l’encourager à ne plus utiliser ses pouvoirs. Mais bien que la directrice de l’établissement, la sévère Mme Knightslinger, estime que les drôles de pouvoirs des élèves de la classe de Nory ne soient pas de taille à lutter contre la dangereuse magie noire, la jeune fille et ses camarades vont lui prouver qu’ils ont de la ressource et que leurs différences font leur force !

La malédiction de la Méchante Reine a été rompue, et les habitants de Storybrooke se souviennent désormais de leur véritable identité. Alors qu’ils espéraient retourner au pays des contes de fées, ces derniers constatent qu’ils demeurent bloqués dans la ville. Pendant ce temps, Emma et Mary Margaret ont franchi un portail menant aux vestiges dévastés du monde des contes de fées. Désespérées, et afin de retourner auprès de leur famille, elles font équipe avec le Capitaine Crochet qui souhaite se rendre à Storybrooke pour se venger de Tracassin.

La nuit de son vingt-huitième anniversaire, la vie d’Emma Swan est bouleversée lorsque son fils Henry, qu’elle a abandonné à la naissance, frappe à sa porte. Persuadé qu’elle est la Sauveuse, la fille de Blanche Neige et du Prince Charmant, il la supplie de sauver les habitants de Storybrooke d’une terrible malédiction lancée par la Méchante Reine. Emma refuse d’abord de croire l’histoire d’Henry, mais découvre bien vite que la petite ville regorge de secrets.