Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.

L'étudiant universitaire Kuno Totono est du genre à remettre constamment en question ce qui est tenu pour acquis dans la société et à développer ses propres théories basées sur ses vastes connaissances et son ensemble unique de valeurs. Un jour d'automne, la police vient le voir. Son camarade d'université a été assassiné dans un parc voisin et la police semble considérer Totono avec suspicion. Il lui est demandé de les accompagner pour un interrogatoire. Dans la salle d'interrogatoire, la police est manipulée par Totono qui a tendance à s'éloigner du sujet et à attiser leurs contradictions. Il devine même à juste titre que l'un d'eux s'inquiète de ne pas s'entendre avec sa femme et finit par donner des conseils. Cependant, les empreintes digitales de Totono sont finalement découvertes sur l'arme du crime.

Malmené par son chef, exploité 24 heures sur 24, il est devenu esclave de son entreprise. Mais quand une invasion de zombies se produit, il retrouve goût à la vie !