Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays.

La série se déroule pendant la Seconde Guerre mondiale. Des monstres puissants nommés Siren apparaissent soudainement de la mer. Pour les contrer, une section de l'armée nommée Azur Lane est créée. Cette section est composée de jeunes femmes capables d'utiliser un système avancé d'armement naval ou d'aviation. Ainsi, elles réussissent à repousser les forces ennemies lors d'une attaque. La guerre est cependant loin d'être finie.