Après l'explosion d'une usine, une petite ville est littéralement suspendue dans le temps. Masamune a 14 ans, et avec ses amies, il va devoir s'adapter à une réalité à l'agonie.

Ohana Matsumae est une jeune fille de 16 ans qui vient de quitter Tokyo pour aller vivre avec sa grand-mère qu'elle ne connaît pas très bien.  Elle va devoir commencer à travailler dans une auberge thermale. Ce n'est pas la vie que Ohana aurait choisi mais elle ne renonce pas et essaie de profiter de sa nouvelle situation le plus possible.  De plus, elle se lie rapidement d'amitié avec les autres employés.  Pourtant, la jeune fille est toujours tiraillée par ces incertitudes sur son avenir.

Le peuple d'Iolph possède le secret de la longévité tout en conservant une éternelle apparence juvénile, mais ce précieux sang attise la convoitise. Leur quiétude se voit rompue par une invasion d'ennemis, semant chaos et destruction sur leur passage. La jeune Maquia parvient à s'enfuir mais, anéantie par la mort des siens, elle erre seule dans ce monde hostile qui lui est inconnu. Lorsqu'elle découvre un bébé orphelin abandonné dans la forêt, elle décide de le garder. Tous deux vont pouvoir se reconstruire, et ainsi débute un voyage émotionnel entre un mortel et un être qui ne vieillit plus...

À peine arrivée, la jeune recrue des forces aériennes Hisone Amakasu est choisie comme pilote par un dragon caché dans la base aérienne de Gifu.