Alors que la rencontre sportive est sur le point de débuter, les différents organisateurs sont à la recherche d'une personne pour le discours d'ouverture parmi les niveaux 5. Pendant ce temps, Shokuhô Misaki, la cinquième plus puissante niveau 5, s'intéresse aux clones de Misaka Mikoto. Que désire-t-elle accomplir ?

Tom Sawyer et son ami Huckleberry Finn vivent de grandes aventures sur le fleuve Mississippi, se faisant passer pour des pirates, assistent à leurs propres funérailles et assistent à un meurtre.

Mikoto découvre qu'un projet secret vise à la cloner, et qu'une armée d'Espers est mobilisée pour conquérir la Cité Académique.

Dans une ville qui grouille d'étudiants dotés de pouvoirs psychiques, Mikoto et ses camarades affrontent une multitude d'ennemis plus terrifiants les uns que les autres.