Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.

Son père est décédé très tôt et sa mère vit et travaille dans un restaurant chinois bondé. Kitajima Maya, une jeune fille de 13 ans, doit porter le fardeau de joindre les deux bouts alors qu'elle se bat contre son mauvais sort. Cependant, elle est capable de surmonter les épreuves et les tribulations de sa vie avec sa passion et son enthousiasme. Elle arrive à rencontrer l'actrice reclus Tsukikage qui décide de l'entraîner et de la mouler dans l'actrice avant tout de sa génération.