Au XVIème siècle, l'Inde est dominée par la dynastie des empereurs musulmans moghols. Le dernier héritier, Jalaluddin Muhammad, un farouche guerrier, multiplie les batailles pour agrandir le territoire de l'empire. Afin d'unifier tout l'Hindoustan, il consent à épouser Jodhaa, une princesse Rajpoute hindoue. Mais une fois mariés, celle-ci demeure distante avec Jalaluddin, refusant d'être la victime d'une alliance politique...

La guerre pour la liberté sur terre se joue en pleine mer. Au 18ème siècle, la British Navy est confrontée à Khudabaksh, un "Thug des mers" qui se bat pour libérer son pays. Les anglais, ne sachant comment l'affronter, font appelle à un autre Thug, Firangi Mallah.