La suite du premier film basé sur les événements du manga "Nana" de Ai Yazawa. Nana compte les aventures de deux jeunes filles, qui se nome toutes les deux Nana. Bien que le nom soit le même, leur vie est complètement différente. L'une d'eux est une punk ambitieuse qui cherche à percer dans le monde du rock, tandis que l'autre veut simplement avoir une nouvelle vie.

Nadja est une orpheline qui voit sa vie prendre un nouveau tournant lorsqu'à son treizième anniversaire elle reçoit de la part d'un mystérieux expéditeur un paquet contenant une robe de bal et un carnet, tous deux appartenant à sa mère. La seule chose que Nadja possède depuis qu'elle est arrivée à l'orphelinat est une broche qui avait, elle aussi, appartenu à sa mère. Un soir, alors qu'un incendie éclate à l'orphelinat, Nadja est poursuivie par deux hommes qui s’intéressent à sa broche. C'est alors qu'apparaît un mystérieux chevalier aux yeux bleus. Sauvant Nadja, il la confie à la compagnie Dandelion, une troupe d'artistes itinérante, dans laquelle l'orpheline deviendra danseuse. Nadja quitte l'Angleterre avec la compagnie afin de parcourir le monde pour retrouver sa mère toujours en vie.

L'histoire suit Mire Yoshizuki, 27 ans, employée de bureau de Tokyo qui vient de rentrer au Japon, Sora Nagase, 22 ans, étudiante de quatrième année, qui aspire à devenir enseignante, et Hiroshima, jeune garçon de 20 ans, à temps partiel. Okonomiyaki, ouvrière et pigiste Reika Kawatani. Ce qui rassemble ces trois femmes d'horizons complètement différents est un joyau magique. Une "nouvelle histoire magique" commence quand ils sont mystérieusement réunis par hasard et se lancent dans un voyage.

Débarqué au Japon pour la promotion de son nouveau roman, Alex Fayard rencontre une geiko, Tamao, menacée de mort par un ancien amant. En acceptant de l'aider, il se retrouve face à Shundei Oe, l'auteur de livres policiers dont il est le spécialiste français. Dès lors, il plonge dans un monde de mystère et de perversité, sur les traces d'un homme assoiffé de vengeance.

Dorémi, une simple écolière, se dit être la fille la plus malheureuse du monde, jusqu'au jour où elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique tenue par la sorcière Maggie grigri et sa fée Lala. Dorémi transforme sans le vouloir la sorcière en une espèce de petite grenouille verte, et pour la délivrer de ce sort, est obligée de devenir son apprentie-sorcière. Seule Dorémi aura le pouvoir une fois devenue sorcière de délivrer Maggie grigri de cette malédiction.

Dorémi, une simple écolière, se dit être la fille la plus malheureuse du monde, jusqu'au jour où elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique tenue par la sorcière Maggie grigri et sa fée Lala. Dorémi transforme sans le vouloir la sorcière en une espèce de petite grenouille verte, et pour la délivrer de ce sort, est obligée de devenir son apprentie-sorcière. Seule Dorémi aura le pouvoir une fois devenue sorcière de délivrer Maggie grigri de cette malédiction.

Les légendes racontent que une femme appelée Mayuri qui, dans le passé éloigné, c'est jeté elle-même dans le fleuve après la mort de l'homme qu'elle a aimé, Zenjuro. Une créature étrange pleurant de a été trouvée près de son corps une grenouille, et les gens du pays sont venus ainsi pour honorer une pierre en forme de grenouille qu'ils ont crée dans la mémoire des amoureux. Doremi, Aiko, Hazuki, Onpu, et Momoko sont en vacances chez le grand père de Doremi qui habite dans les montagne proche de Fukuyama où ces événements ont eu lieu. Là, elles apprennent que le mystère de la pierre de la grenouille, et un endroit magique où la magie se mélangeait dans la vieille campagne. Bien que les adultes exigent que les enfants restent loin de la montagne pendant la soirée imminente de la lune du sourire, elles vont de toute façon visiter la pierre de grenouille. Et le long de la forêt, les rumeurs de la montagne de Fukuyama commencent à devenir vrai.

Alors que Pop doit se rendre dans le monde magique pour passer un examen de magie, Hana la suit. En essayant de la rattraper, Pop découvre dans le jardin de la reine une fleur différente des autres. Curieuse, Pop cueille la fleur et la rapporte dans le monde des humains. Seulement, cette fleur est la "Witch Queen Heart", une fleur très rare qui a le pouvoir d'exaucer les vœux. Si le vœu est bon, la fleur restera blanche, mais si le vœu est mauvais, elle changera de couleur et finira par se répandre dans toute la ville, réalisant les vœux de tout le monde. Après une dispute avec sa sœur, Doremi, Pop souhaite qu'elle cesse d'être une sorcière et devienne un rat, ce qui fait changer la fleurdecouleur.Commence alors une course contre la montre pour retrouver Doremi et empêcher la fleur de causer des dégâts.