Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Elle a pour compagnon Pantalaimon, son dæmon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales. Le monde de Lyra est en train de changer. L'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une station expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences... Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, la petite fille jure d'aller le chercher, jusqu'au bout du monde s'il le faut.

Kai Yuuki étudiant en dernière année s'apprête à rentrer dans la vie active. Il démarche auprès des grandes compagnies dans l'espoir de trouver un emploi stable de salaryman même si cela l'éloigne de son ambition de travailler à la réhabilitation de personnes handicapées. Alors qu'il revient d'un entretien d'embauche, il rencontre sur son campus une belle mais étrange violoniste, Sae Hagio, sourde et muette depuis 4 ans. S'engage alors une histoire d'amour et d'amitié difficile dans laquelle chacun va influencer la vie de l'autre. En toile de fond de cette histoire d'amour se dessinent les aventures de la Orange Society, la bande d'amis dont vont faire parti Kai et Sae et au sein de laquelle chacun essaie de préparer son futur à sa manière.

Yukari est une jeune lycéenne modèle n'écoutant que ses parents. Elle veut rentrer dans une prestigieuse université afin d'avoir un avenir brillant jusqu'au jour où elle fait la rencontre d'un groupe d'étudiants travaillant dans la mode, et ayant leur propre marque de vêtement : "Paradise Kiss". Le groupe recherche justement une jeune fille pour défiler dans la nouvelle robe qu'ils ont l'intention de créer et il s'avère que Yukari correspond à leurs attentes ! Bien que peu enthousiaste dans un premier temps face à un groupe de jeunes excentrique, elle va finir par réaliser que ce sont des personnes agréable et à son écoute contrairement aux autres et va accepter de défiler pour eux. La passion et l'enthousiasme des jeunes à travailler pour ce qu'ils aiment va faire prendre conscience à Yukari qu'elle n'est pas dans la voie qu'elle désire vraiment et va la motiver à poursuivre ses propres rêves.