L’histoire se déroule à la fin du 19e siècle en Europe. Une nouvelle technologie permet de redonner aux cadavres une âme artificielle pour être utilisés en tant que main-d’œuvre ou soldats appelés les nécromates. John H. Watson (qui deviendra plus tard le partenaire de Sherlock Holmes), jeune étudiant en médecine à Londres, est recruté par le gouvernement pour devenir agent secret. Il est envoyé en Afghanistan sous couverture d’infirmier de l’armée. Watson apprend que le nécromate original (The One), créé il y a plus de 100 ans par le scientifique Victor Frankenstein, est encore en vie quelque part dans le monde orchestrant dans l’ombre un complot. Le jeune Watson décide de se lancer à sa poursuite.

La jeune Kurumi éprouve de profonds sentiments pour son ami Haru. Le quotidien des deux adolescents à Kyoto a des apparences paisibles jusqu'au jour où Haru perd la vie dans un accident d'avion. Dévastée par la nouvelle, Kurumi se renferme pour se laisser dépérir. Le robot Q01 va alors être chargé de prendre les traits de Haru afin que la jeune fille reprenne goût à la vie.