Un samouraï et son fils pourchassent un shogun afin de venger la meurtre de leur épouse et mère.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…