En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux, apparaît, prétendant être le premier humain à s’associer avec un Digimon-Ukkomon. Rui aurait-il vraiment pu être le premier DigiDestined ?

Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?

Digimon, parfois présentée sous le nom de Digimon: Digital Monsters, est une franchise médiatique japonaise créée par Akiyoshi Hongō et distribuée par la société Bandai. Elle met en avant ses créatures numériques homonymes, habitantes du digimonde, un monde intégralement composé de données informatiques, parallèle au monde réel, et relié à distance à ce dernier par le biais de réseaux ou portails immatériels et de connexions Internet.

Nadja est une orpheline qui voit sa vie prendre un nouveau tournant lorsqu'à son treizième anniversaire elle reçoit de la part d'un mystérieux expéditeur un paquet contenant une robe de bal et un carnet, tous deux appartenant à sa mère. La seule chose que Nadja possède depuis qu'elle est arrivée à l'orphelinat est une broche qui avait, elle aussi, appartenu à sa mère. Un soir, alors qu'un incendie éclate à l'orphelinat, Nadja est poursuivie par deux hommes qui s’intéressent à sa broche. C'est alors qu'apparaît un mystérieux chevalier aux yeux bleus. Sauvant Nadja, il la confie à la compagnie Dandelion, une troupe d'artistes itinérante, dans laquelle l'orpheline deviendra danseuse. Nadja quitte l'Angleterre avec la compagnie afin de parcourir le monde pour retrouver sa mère toujours en vie.

Un jour de pluie, Akane traversa un chemin avec un gentil jeune homme qui lui offrit son manteau. Lors de leur seconde rencontre, il lui avoue qu'il n'a aucun souvenir de qui il est, que ce soit son nom ou son passé, mais se sent heureux en sa présence. Akane part alors à la recherche de son nom, et souhaite démêler son lien énigmatique avec une célèbre danse maudite dont la rumeur dit que quiconque tentera de l'exécuter sera tué.

Haruka conte l'histoire de trois jeune étudiants : Akane Motomiya, Tenma Morimura & Shimon Nagareyama ; menant une vie paisible de lycéens ordinaires. Mais un jour, ils sont soudainement transportés dans une époque lointaine, dans la ville de Kyou où elle apprend qu'elle est la Ryûjin no Miko et qu'elle est la seule à pouvoir faire face aux démons qui hantent le pays. Pour mener à bien son destin de gardienne divine, elle est aidée des Huit, un groupe de jeunes gens possédant des pouvoirs surnaturels qui ont pour mission de la protéger. Mais la tâche est rude car se dresse devant eux le chef des démons, Akuram, aussi séduisant que maléfique, qui n'aura de cesse d'essayer de récupérer les pouvoirs du Dieu Dragon, quelqu'en soit le prix !

Haruka conte l'histoire de trois jeune étudiants : Akane Motomiya, Tenma Morimura & Shimon Nagareyama ; menant une vie paisible de lycéens ordinaires. Mais un jour, ils sont soudainement transportés dans une époque lointaine, dans la ville de Kyou où elle apprend qu'elle est la Ryûjin no Miko et qu'elle est la seule à pouvoir faire face aux démons qui hantent le pays. Pour mener à bien son destin de gardienne divine, elle est aidée des Huit, un groupe de jeunes gens possédant des pouvoirs surnaturels qui ont pour mission de la protéger. Mais la tâche est rude car se dresse devant eux le chef des démons, Akuram, aussi séduisant que maléfique, qui n'aura de cesse d'essayer de récupérer les pouvoirs du Dieu Dragon, quelqu'en soit le prix !

Tandis que l'homme règne sur les terres depuis des millénaires, une nouvelle bataille s'engage dans le profondeurs des océans pour la conquête de ceux-ci. Des naufrages se produisent autour de la grande faille du Japon. Et un peuple mystérieux répondant au nom d'Empire des mers se réclame le droit exclusif d'utiliser les océans et ses gigantesques ressources !

Misa Kuroi est une jeune fille possédant des pouvoirs de sorcière, qui arrive en cours d'année dans un nouvel établissement scolaire. En ville dernièrement, les morts violentes suspectes se succèdent, selon une logique qu'un des élèves de la classe de Misa interprète comme étant une cérémonie pour invoquer Satan. Un jour, treize élèves dont Misa sont désignés par leur professeur pour rester et faire un devoir. Mais celle-ci s'éclipse et ne revient pas. Une des élèves part aux toilettes et meurt noyée, tandis qu'un groupe essaie désespérément de sortir, leurs pas les ramenant inlassablement dans l'enceinte du lycée.

Maron Kusakabe est la réincarnation de Jeanne D'Arc. Elle et Fin Fish, son ange, doivent détruire les démons qui se cachent dans des œuvres d'arts. Quand un démon est battu, il se transforme en pièce de jeu d'échec. Les soirs, quand Fin Fish découvre la présence d'un démon, elle se métamorphose en Jeanne D'Arc. Mais pour parvenir à éliminer ces démons, elle doit se rendre sur les lieux. Mais ce n'est pas toujours facile, quand la police est à ses trousses.