Les oiseaux et les cochons continuent de se battre sans relâche. Mais la menace d’un nouvel adversaire vient perturber les voisins ennemis. Red, Chuck, Bombe et l’Aigle Vaillant recrutent Silver, la sœur de Chuck et s’associent aux cochons Léonard, son assistante Courtney et Garry (le geek), pour former une équipe improbable et tenter de sauver leurs foyers !

Ce film nous amène sur une île entièrement peuplée d’oiseaux heureux et qui ne volent pas – ou presque. Dans ce paradis, Red, un oiseau avec un problème de colère, le très pressé Chuck, et l’imprévisible Bomb ont toujours été mis à l’écart. Mais lorsqu’arrivent des cochons verts mystérieux sur l’île, ce sera la mission de ce groupe de parias de découvrir ce que trament les cochons.

Les oiseaux, Mia, Rosie et Buddy, ainsi qu'un porcelet nommé Hamylton, sont catapultés par erreur sur une île inconnue. Afin de rentrer chez eux, ils devront percer ensemble les mystères de ce terrain.