Isolé de par les collines qui l’entourent, le village de Sotoba est véritablement coupé du monde. De ce fait, certains jeunes n’ont qu’une seule envie : quitter la région pour retourner à la ville et goûter aux joies de la modernité. Cependant, au moment où des étrangers viennent occuper l’ancien château abandonné qui surplombe le village, une succession de morts mystérieuses perturbe le calme habituel des environs. En effet, des personnes peu âgées et en parfaite santé semblent tomber subitement en anémie pour finalement mourir quelques jours plus tard. Alors qu’une possibilité de pandémie est supposée, certaines rumeurs répandent l'idée que la cause de tous ces drames pourrait en vérité trouver sa source dans des raisons à la fois obscures et surnaturelles…

Isolé de par les collines qui l’entourent, le village de Sotoba est véritablement coupé du monde. De ce fait, certains jeunes n’ont qu’une seule envie : quitter la région pour retourner à la ville et goûter aux joies de la modernité. Cependant, au moment où des étrangers viennent occuper l’ancien château abandonné qui surplombe le village, une succession de morts mystérieuses perturbe le calme habituel des environs. En effet, des personnes peu âgées et en parfaite santé semblent tomber subitement en anémie pour finalement mourir quelques jours plus tard. Alors qu’une possibilité de pandémie est supposée, certaines rumeurs répandent l'idée que la cause de tous ces drames pourrait en vérité trouver sa source dans des raisons à la fois obscures et surnaturelles…

Le monde découvre l'existence d'extraterrestres malgré lui : en effet, un beau jour, un énorme vaisseau spatial s'écrase sur Terre. À son bord, on découvre plus d'une centaine d'extraterrestres qui sont en réalité (ou plutôt officiellement) des esclaves qui devaient être livrés à leurs maîtres. Le Japon les accueille les bras ouverts et leur propose même la citoyenneté afin de les aider à s'intégrer. Étant dans l'impossibilité de retourner sur la planète, ces visiteurs de l'espace, que les humains appelleront DearS pour signifier leur lien d'amitié avec eux, vont donc apprendre à vivre comme leurs hôtes, avec leurs us et coutumes, leurs mœurs et en parlant leur langue. Un an après, l'intégration des DearS semble se dérouler comme il faut. Mais ces derniers fascinent toujours autant les humains. Aussi, quand des élèves de lycée apprennent qu'une DearS va faire partie de leur classe, tout le monde est enthousiaste sauf Ikuhara Takeya. Ce garçon se méfie des DearS et il préfère les éviter plus qu'autre chose. Malheureusement pour lui, il retrouve abandonné le corps de l'une d'elles et l'amène dans sa chambre pour la nourrir comme il peut. Son nom est Ren et contrairement aux autres, elle ne parle pas le japonais. Elle considère Takeya comme son maître, ce qui va obliger ce dernier à s'en occuper. Toutefois, il semblerait que certaines personnes s'intéressent de près à elle pour certaines raisons...